国家级重点学科是师资、科研、设备等综合实力都是国家一流水平的学科。以下是近几年纳入本市本科招生院校的国家级重点学科。
本市高校：
复旦大学 马克思主义哲学、外国哲学、政治经济学、世界经济、金融学、产业经济学、政治学理论、国际关系、汉语言文字学、中国古代文学、传播学、历史地理学、基础数学、应用数学、运筹学与控制论、理论物理、凝聚杰物理、光学、物理化学、高分子化学与物理、生理学、神经生物学、遗传学、生态学、电路与系统、微电子学与固体电子学、人体解剖与组织胚胎学、病原生物学、病理学与病理生理学、内科学、儿科学、神经病学、影像医学与核医学、外科学、眼科学等
上海交通大学 凝聚态物理、工程力学、机械制造及其自动化、机械设计及理论、材料学、材料加工工程、动力机械及工程、制冷及低温工程、电磁场与微波技术、通信与信息系统、控制理论与控制工程、模式识别与智能系统、计算机软件与理论、船舶与海洋结构物设计制造、管理科学与工程、内科学、儿科学、外科学、口腔基础医学、生物医学工程等
同济大学 海洋地质、工程力学、材料学、城市规划与设计、岩土工程、结构工程、桥梁与隧道工程、道路与铁道工程、交通运输规划与管理、环境工程等
华东师范大学 教育学原理、课程与教学论、教育史、基础心理学、自然地理学、生态学等
华东理工大学 化学工程、生物化工、应用化学等
东华大学 材料学、纺织工程、纺织化学与染整工程、服装设计与工程等
上海财经大学 经济思想史、财政学、会计学等
上海外国语大学 英语语言文学、俄语语言文学等
上海海洋大学(原上海水产大学) 水产养殖等
上海大学 机械电子工程、钢铁冶金等
上海中医药大学 中医内科学、中医外科学、中药学等
外省市高校：
清华大学 数量经济学，粒子物理与原子核物理，原子与分子物理，凝聚态物理，生物化学与分子生物学，生物物理学，固体力学，流体力学，机械制造及其自动化，车辆工程，材料物理与化学，材料学，材料加工工程，工程热物理，热能工程，动力机械及工程，电力系统及其自动化，高电压与绝缘技术，电工理论与新技术，物理电子学，电路与系统，微电子学与固体电子学，通信与信息系统，信号与信息处理，计算机系统结构，计算机应用技术，建筑设计及其论，城市规划与设计，结构工程，供热、供燃气、通风及空调工程，化学工程，环境工程，技术经济及管理等
北京大学 马克思主义哲学、中国哲学、外国哲学、美学、政治经济学、国民经济学、法学理论、宪法学与行政法学、刑法学、经济法学、社会学、人类学、基础心理学、语言学及应用语言学、汉语言文字学、中国古典文献学、中国古代文学、中国现当代文学、比较文学与世界文学、考古学及博物馆学、中国古代史、世界史、基础数学、计算数学、概率论与数理统计、应用数学、理论物理、粒子物理与原子核物理、凝聚态物理、光学、构造地质学、植物学、动物学、生理学、神经生物学、细胞生物学、生物化学与分子生物学、一艘力学与力学基础、固体力学、流体力学、物理电子学、微电子学与固体电子学、通信与信息系统等
第二军医大学 生物学，内、外科学，影像与核医学，药学等
国防科学科技大学 光学工程、机械工程、计算机科学与技术、信息与通信工程等
解放军信息工程大学 地图制图学与地理信息工程等
解放军理工大学 信息与通信工程、土木工程等
中国人民大学 法学、新闻学、中国语言文学、企业管理、金融学、社会学、理论经济学和应用经济学等
北京理工大学 信息与通信工程、机械电子工程、车辆工程、电子科学与技术、动力机械及工程等
北京邮电大学 信息与通信工程等
北京化工大学 材料科学与工程等
北京科技大学 材料科学与工程等
北京林业大学 园林植物与观赏园艺等
中国政法大学 法学等
北京交通大学 应用经济学、信息与通信工程、交通运输工程等
华北电力大学 电气工程等
中央财经大学 金融学等
对外经济贸易大学 国际贸易学、国际法学等
中国石油大学 化学工程与技术、地质资源与地质工程、石油与天然气工程等
西南财经大学 金融学、政治经济学等
北京航空航天大学 材料科学与工程、计算机科学与技术、机械工程、飞行器设计等
中国传媒大学 新闻传播学等
北京外国语大学 英语语言文学、德语语言文学等
南开大学 理论经济学、应用经济学、数学等
天津大学 港口、海岸及近海工程，建筑学等
燕山大学 机械设计及理论等
大连理工大学 船舶与海洋工程、化学工程与技术等
中国医科大学 内科学、皮肤病与性病学等
哈尔滨工业大学 机械制造及自动化、电气工程、信息与通信工程、计算机科学与技术、土木工程、材料科学与工程、动力工程及工程热物理等
哈尔滨工程大学 船舶与海洋工程、水声工程等
南京大学 中国语言文学、历史学、工商管理、数学、物理学、化学、生物学、天文学、地质学、地理学、大气科学、环境科学、计算机科学与技术、声学、政治经济学等
东南大学 电子科学与技术、计算机科学与技术、交通运输工程、生物医学工程、建筑学、信息与通信工程等
中国药科大学 药学等
南京航空航天大学 机械工程、飞行器设计等
河海大学 水文学与水资源、土木工程等
南京理工大学 兵器发射理论与技术、材料科学与工程等
南京农业大学 园艺学、植物保护、预防兽医学等
南京信息工程大学 大气科学等
江苏大学 动力工程及工程热物理等
苏州大学 内科学、放射医学等
浙江大学 心理学、材料科学与工程、机械工程、电气工程、计算机科学与技术、生物医学工程、信息与通信工程、土木工程、化学工程与技术、生物学、控制科学与工程等
中国科学技术大学 数学、物理学、化学、生物学、地球物理学、力学等
合肥工业大学 电气工程等
山东大学 数学、物理学等
武汉理工大学 材料科学与工程、船舶与海洋工程等
武汉大学 理论经济学、法学、生物学、地图学与地理信息系统、水利工程、测绘科学与技术、口腔医学、图书馆、情报与档案管理、哲学等
华中科技大学 机械制造及其自动化、电气工程、计算机科学与技术、电子科学与技术、公共卫生与预防医学、内科学、外科学、妇产科学、材料加工工程、热能工程等
湖南大学 化学、土木工程等
中南大学 机械设计及理论、道路与铁道工程、内科学、外科学、神经病学、精神病与精神卫生学等
西南交通大学 车辆工程、电气工程、交通运输工程、土木工程等
电子科技大学 电路与系统等
西南政法大学 法学等
重庆大学 电气工程等
长安大学 交通运输工程等
西安电子科技大学 电子科学与技术、信息与通信工程等
西北工业大学 计算机利学与技术、飞行器设计等
西安交通大学 电气工程、工商管理等
中山大学 行政管理、生物学、内科学、外科学、眼科学、神经病学、肿瘤学等
暨南大学 产业经济学等
华南理工大学 信息与通信工程、轻工技术与工程等
中国农业大学 食品科学与工程、兽医学、畜牧学、植物学等
东北大学 冶金工程、计算机科学与技术等
大连海事大学 交通运输工程等
北京师范大学 心理学等
西北大学 植物学等
华中农业大学 园艺学、生物学等
兰州大学 应用经济学、物理学、化学等
中国海洋大学 水产养殖、海洋科学等
江南大学 食品科学与工程、轻工技术与工程等
中央民族大学 民族学等
吉林大学 哲学、法学、车辆工程、计算机科学技术等
厦门大学 财政学、金融学、法学、统计学、会计学、生物学、海洋科学、化学等
南方医科大学 内科学等
中国地质大学 地质学等
四川大学 内科学、外科学、口腔医学、轻工技术与工程等
沈阳农业大学 园艺学等
太原理工大学 材料科学与工程、化学工程与技术等
中南财政经政法大学 财政学、会计学等
华中师范大学 汉语言文学等
南昌大学 食品科学与工程等
北京体育大学 运动人体科学等
延边大学 朝鲜语等